Het hoofddoel van het HydroGen3-project bestond erin de prestaties en dagdagelijkse inzetbaarheid van het aandrijfsysteem te optimaliseren. In het kader van deze verbeteringen slaagde het ontwikkelingsteam van het GAPC erin bepaalde onderdelen, die nog noodzakelijk waren bij de HydroGen1, volledig weg te laten. Een nuttig neveneffect was dat het gewicht verder werd verlaagd in de richting van het objectief van 1590 kg. Het belangrijkste onderdeel dat het ontwikkelingsteam in de Hydrogen3 wist te elimineren was de krachtige bufferbatterij. Deze energiestockage-eenheid moest bij de HydroGen1 prestatiepieken opvangen in de aandrijving. Het geoptimaliseerde brandstofcelsysteem van de HydroGen3 is echter nu zelf in staat om onmiddellijk het nodige vermogen te leveren. Dit resulteerde niet enkel in een gewichtsbesparing van bijna 100 kg, maar zorgde er ook voor dat de laadvloer in de brandstofcel-Zafira kon worden verlaagd tot het niveau van het productiemodel. De HydroGen3 heeft nu dus dezelfde laadvolume als een Zafira met vijf zitplaatsen (600 liter). De brandstof die gebruikt wordt om de energie op te wekken voor de elektrische motor van het prototype, is zuivere waterstof. Dit waterstof wordt aan boord van de HydroGen3 in vloeibare vorm opgeslagen in een tank van roestvrij staal en bij een temperatuur van –253°C. Een vacuüm tussen de binnen- en buitenwanden van de tank en verschillende dunne lagen aluminiumfolie verzekeren een optimale bescherming tegen hitte van buitenaf. De brandstoftank heeft een inhoud van 68 liter en werd voor de achteras onder de achterbank geplaatst (de achterbank werd 25 mm verhoogd om plaats te maken). De autonomie bedraagt zo’n 400 kilometer. De brandstofcellengroep is gevoelig compacter dan de vorige versie en ontwikkelt een constant vermogen van 94 kW (vroeger 80 kW) met pieken tot 129 kW (vroeger 120 kW). Daarmee levert zij de energie voor een driefasige, asynchrone motor van 60 kW (82 pk). Met deze uiterst doeltreffende aandrijflijn accelereert de Zafira met brandstofcellen van 0 tot 100 km/u in 16 seconden en haalt hij een topsnelheid van 150 km/u.